Dejiny mesta siahajú do 13.storočia. Prvá zmienka o meste pochádza z roku 1327, mestské práva Wadowice obdŕžali v roku 1430. Mesto bolo vlastníctvom Sliezskych Piastow, patrilo do osvienčimského kniežatstva a po jeho rozpade bolo pripojené k zatorskému kniežatstvu. V roku 1564 bolo začlenené do Korony. Wadowice boli strediskom remesiel vojvodstva, no jeho plný rozvoj brzdili požiare, epidémie a vojny.

V 17.storočí mesto preslávil Marcin Wadowita – teológ, filozof, dekan Akadémie Krakowskej. Rozkvet mesta sa datuje až od roku 1819, kedy sa Wadowice stali strediskom regionálneho ruchu. Vybudovali sa početné úrady, súd, vojenská nemocnica, kasárne 56 rakúskeho pluku pechoty. Pružne sa začal rozvíjať šport pod vedením športového združenia „Sokól“, taktiež iné početné vlastenecké organizácie a organizácie bojujúce za nezávislosť. Mesto bolo taktiež veľkým strediskom tlače. V medzivojnovom období zostalo administratívnym, osvetovým a kultúrnym strediskom. Svoje sídlo tu mal 12. pluk pechoty bojujúci v rokoch 1919 – 1920 na východnom fronte, taktiež v septembri roku 1939 pri napadnutí Poľska Nemeckom. Vo Wadowiciach 18.mája 1920 v dome na ulici Kostolnej 7 sa narodil Karol Wojtyla. V tomto meste chodil do základnej školy – do budovy, v ktorej má sídlo mestský úrad, potom do gymnázia – dnes budova Strednej školy Marcina Wadowity. Po skončení maturitných skúšok v roku 1938 odišiel na štúdiá do Krakowa. 16.októbra 1978 bol Karol Wojtyla zvolený za pápeža a prijal meno Ján Pavol II.

Po veľkom prelome v roku 1989 Wadowice boli miestom dynamických premien a rozvoja. Od roku 1990 sú sídlom regionálnej samosprávy a od roku 1999 sa stali sídlom okresu. Všeobecne Wadowice sú silným mestským strediskom s veľkými možnosťami, centrom pútnickeho a turistického rozvoja.