Prvá zmienka o kostole vo Wadowiciach pochádza zo 14. storočia a až do 19. storočia bol zasvätený Všetkým svätým. V tomto kostole dostal v roku 1920 budúci pápež pri krstiteľnici v kaplnke Svätej rodiny meno Karol Józef. Tu tiež pristúpil k prvému svätému prijímaniu (1929) a k sviatosti birmovania (1938). Bol tu tiež miništrantom. V tomto chráme kňaz Wojtyła slúžil aj svoje primičné sväté omše (kňazskú - 1946, biskupskú - 1958, arcibiskupskú - 1964, kardinálsku - 1967) a v pozícii krakovského biskupa tiež vizitoval farnosť. Ako pápež putoval Ján Pavol II. do tohto kostola počas všetkých troch svojich návštev vo Wadowiciach: v rokoch 1979, 1991 aj 1999. V roku 1992 udelil Svätý otec wadowickému kostolu titul bazilika minor. V roku 2011, boli do jemu zasvätenej kaplnky zložené jeho relikvie.
