Po zvolení kardinála Wojtyłu za pápeža sa zrodila myšlienka postaviť nový chrám ako obetu vďačnosti. K rozšíreniu zámeru prispel atentát na Jána Pavla II. v roku 1981. Nový kostol Petra apoštola naprojektoval tím prof. T. Szafera (1920-2017) z Krakova. Stavba trvala od roku 1984 do roku 1991 a realizovali ju obyvatelia Wadowíc. Farníci venovali na stavbu finančné dary a osobne sa zúčastnili na stavebných prácach. Bremeno organizácie výstavby na seba vzal kňaz M. Piosek (1944-1993), neskorší farár novej farnosti. K vysväteniu kostola došlo v roku 1991, počas druhej pápežovej návštevy vo Wadowiciach. Práve vtedy Ján Pavol II. korunoval sochu Fatimskej Panny Márie, ktorú daroval fatimský biskup. Výsledný sakrálny komplex symbolizuje cestu Karola z Wadowíc cez katedrálu na Waweli až na pápežský stolec. Pozostáva z kostola, kaplnky Krista Kráľa, katechetického domu s farou a samostatne stojacej veže. Neskôr bola v zadnej časti komplexu vytvorená krížová cesta pod holým nebom.
