Nella Chiesa della Presentazione della Beata Vergine Maria, Karol Wojtyła prese i suoi primi sacramenti. È qui, al fonte battesimale che si trova nella cappella della Sacra Famiglia, trentatré giorni dopo la sua nascita, il 20 giugno 1920, che gli venne dato il nome di Karol Józef. Il battesimo del futuro Papa venne impartito dal cappellano militare, don Franciszek Żak. I padrini erano il cognato di Emilia, Józef Kuczmierczyk e sua sorella, Maria Wiadrowska. In questa chiesa si unì alla prima Santa Comunione e fu cresimato. Qui anche servì come chierichetto.
Nella foto della prima comunione (che cadeva 26 maggio) Karol è molto triste, perché nel mese prima della cerimonia, il 13 aprile, sua madre era morta. La messa funebre era stata officiata nella stessa chiesa. Di fronte a una tale tragedia i preparativi per questo giorno speciale erano diventati meno importanti, l’abito della prima comunione di Karol fu preparato all'ultimo momento. Alcuni giorni prima della cerimonia si dovevano acquistate le scarpe, solo che quelle per ragazzi erano finite, ne comprarono un paio da ragazza, quelle Lolek indossava il giorno della Prima Comunione. Dopo aver ricevuto questo importante sacramento Karol si impegnò ogni mattina nel servizio di ministrante. Anche quando non era in servizio, andava in chiesa in modo che, un eventuale ministrante assente potesse essere sostituito. Col tempo fu eletto "capo" dei chierichetti e quando don Kazimierz Figlewicz cambiò parrocchia, Karol salutò il sacerdote a nome di tutti i chierichetti.
Nella chiesa parrocchiale un posto particolare, era ed ancora è, la cappella laterale di Nostra Signora del Perpetuo Soccorso, alla quale gli studenti delle scuole medie andavano al mattino prima delle lezioni. Poi nel pomeriggio, al termine della scuola, la stessa processione di studenti ritornava in chiesa per la preghiera.
In questa chiesa, il 3 maggio 1938, Karol ricevette il sacramento della Confermazione dalle mani del Cardinale Adam Sapieha. A nome della comunità degli studenti, Karol pronunciò il discorso di benvenuto in occasione della visita alla scuola del prelato. Il discorso fece una forte impressione sull'ospite, perché il giovane vi aveva inserito citazioni latine. L'arcivescovo chiese al catechista, don Edward Zacher: “chi era quel giovane e quali studi intendeva scegliere?”. Il sacerdote rispose: "È Karol Wojtyła e andrà a studiare lingua e letteratura polacca." Al che il cardinale rispose: "è un peccato che non scelga teologia." Queste parole si rivelarono molto profetiche, perché otto anni dopo, nel 1946, il cardinale Sapieha avrebbe impartito l'ordinazione sacerdotale a Wojtyła.
In quella chiesa padre Karol Wojtyła celebrò la sua prima messa sacerdotale nel 1946, quella vescovile nel 1958, arcivescovile nel 1964 e cardinalizia nel 1967 e quando era già vescovo di Cracovia visitò la parrocchia. In occasione del suo cinquantesimo compleanno visitò la Cappella della Madonna del Perpetuo Soccorso e nello stesso anno, in occasione dell'anniversario del suo battesimo, celebrò una messa solenne e dedicò tre nuove campane: "Maria", "Karol" e "Józef". Come Papa, Giovanni Paolo II compì pellegrinaggi alla chiesa di Wadowice in occasione di tutte e tre le visite in Polonia: 1979, 1991 e 1999. Nel 1992 il Santo Padre le conferì il titolo di Basilica Minore. Nel 2011, sei anni dopo la morte del Papa, le sue reliquie furono deposte nella cappella a lui dedicata.
